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Le Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille fête ses 50 ans ! -

La plateforme Cibi offre un large panel d’expertises et de services en bioinformatique
(intégration de données, développement d’analyses biologiques sur mesure)
et développe des pipelines bioinformatiques de pointe.
Nous développons également des bases de données à visée biologique
pour le stockage et la gestion de données.
Ghislain Bidaut, Responsable Plateforme

Expertises et Services

  • Analyse et intégration de données de type NGS (Next Generation Sequencing) (ChIP-Seq, RNA-Seq, single cell RNA-Seq, analyse de Variants Génétiques à visée recherche et diagnostique)
  • Analyse de données de cytométrie en flux et cytométrie de masse
  • Analyse de données de Protéomique
  • Développement de pipelines bioinformatique et de bases de données (Python, R, Bioconductor, RShiny, Django, PostgreSQL, etc)
  • Collaboration sur projet (INCa, ANR, ARC, etc)

Nos Pipelines

Formation

  • Nous accueillons des stagiaires en Master et école d’ingénieurs.
les publications de l‘équipe
Jan 2017 PloS one

HTS-Net: An integrated regulome-interactome approach for establishing network regulation models in high-throughput screenings.

Rioualen C, Da Costa Q, Chetrit B, Charafe-Jauffret E, Ginestier C, Bidaut G

Jun 2021 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

High-dimensional mass cytometry analysis of NK cell alterations in AML identifies a subgroup with adverse clinical outcome.

Chretien AS, Devillier R, Granjeaud S, Cordier C, Demerle C, Salem N, Wlosik J, Orlanducci F, Gorvel L, Fattori S, Hospital MA, Pakradouni J, Gregori E, Paul M, Rochigneux P, Pagliardini T, Morey M, Fauriat C, Dulphy N, Toubert A, Luche H, Malissen M, Blaise D, Nunès JA, Vey N, Olive D

Jul 2017 Oncotarget

NKp30 expression is a prognostic immune biomarker for stratification of patients with intermediate-risk acute myeloid leukemia.

Chretien AS, Fauriat C, Orlanducci F, Rey J, Borg GB, Gautherot E, Granjeaud S, Demerle C, Hamel JF, Cerwenka A, von Strandmann EP, Ifrah N, Lacombe C, Cornillet-Lefebvre P, Delaunay J, Toubert A, Arnoulet C, Vey N, Olive D

Jan 2022 Journal of clinical medicine

Exploratory Study on Application of MALDI-TOF-MS to Detect SARS-CoV-2 Infection in Human Saliva.

Costa MM, Martin H, Estellon B, Dupé FX, Saby F, Benoit N, Tissot-Dupont H, Million M, Pradines B, Granjeaud S, Almeras L

Apr 2022 The Journal of physiology

Time-limited alterations in cortical activity of a knock-in mice model of KCNQ2-related developmental and epileptic encephalopathy.

Biba N, Becq H, Pallesi-Pocachard E, Sarno S, Granjeaud S, Montheil A, Kurz M, Villard L, Milh M, Santini PL, Aniksztejn L