Plateforme de Bioinformatique Intégrative Cibi

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La plateforme Cibi offre un large panel d’expertise en bioinformatique (intégration de données, développement d’analyse biologiques) et développe ses propres pipelines bioinformatique.

Nous développons également des bases de données à visée biologique pour le stockage et la gestion de données.

Voici nos expertises:

  • Analyse et intégration de données de séquençage NGS (Next Generation Sequencing) (Chip-Seq, RNA-Seq, SC-RNA-Seq, analyse de variants à visée recherche et diagnostique)
  • Cytométrie de flux et cytométrie de masse.
  • Protéomique
  • Développement de pipelines bioinformatique et de bases de données (Python, R, Bioconductor, RShiny, Django, PostgreSQL, etc…)
  • Collaboration sur projet (INCa, ANR, ARC, etc…)

Nous accueillons des stagiaires en master et école d’ingénieurs.

 

les publications de l‘équipe
Jan 2017 PloS one

HTS-Net: An integrated regulome-interactome approach for establishing network regulation models in high-throughput screenings.

Rioualen C, Da Costa Q, Chetrit B, Charafe-Jauffret E, Ginestier C, Bidaut G

Aug 2018 Blood advances

CXCR5 and ICOS expression identifies a CD8 T-cell subset with T features in Hodgkin lymphomas.

Le KS, Amé-Thomas P, Tarte K, Gondois-Rey F, Granjeaud S, Orlanducci F, Foucher ED, Broussais F, Bouabdallah R, Fest T, Leroux D, Yadavilli S, Mayes PA, Xerri L, Olive D

Jan 2018 Frontiers in immunology

Immunomodulatory Drugs Exert Anti-Leukemia Effects in Acute Myeloid Leukemia by Direct and Immunostimulatory Activities.

Le Roy A, Prébet T, Castellano R, Goubard A, Riccardi F, Fauriat C, Granjeaud S, Benyamine A, Castanier C, Orlanducci F, Ben Amara A, Pont F, Fournié JJ, Collette Y, Mege JL, Vey N, Olive D

Feb 2006 Oncogene

Postoperative serum proteomic profiles may predict metastatic relapse in high-risk primary breast cancer patients receiving adjuvant chemotherapy.

Gonçalves A, Esterni B, Bertucci F, Sauvan R, Chabannon C, Cubizolles M, Bardou VJ, Houvenaegel G, Jacquemier J, Granjeaud S, Meng XY, Fung ET, Birnbaum D, Maraninchi D, Viens P, Borg JP

Jan 2019 Oncoimmunology

HVEM has a broader expression than PD-L1 and constitutes a negative prognostic marker and potential treatment target for melanoma.

Malissen N, Macagno N, Granjeaud S, Granier C, Moutardier V, Gaudy-Marqueste C, Habel N, Mandavit M, Guillot B, Pasero C, Tartour E, Ballotti R, Grob JJ, Olive D

Sep 2019 Oncotarget

Correction: NKp30 expression is a prognostic immune biomarker for stratification of patients with intermediate-risk acute myeloid leukemia.

Chretien AS, Fauriat C, Orlanducci F, Rey J, Borg GB, Gautherot E, Granjeaud S, Demerle C, Hamel JF, Cerwenka A, von Strandmann EP, Ifrah N, Lacombe C, Cornillet-Lefebvre P, Delaunay J, Toubert A, Arnoulet C, Vey N, Olive D

Oct 2019 Clinical epigenetics

Epigenetic down-regulation of the HIST1 locus predicts better prognosis in acute myeloid leukemia with NPM1 mutation.

Garciaz S, N'guyen Dasi L, Finetti P, Chevalier C, Vernerey J, Poplineau M, Platet N, Audebert S, Pophillat M, Camoin L, Bertucci F, Calmels B, Récher C, Birnbaum D, Chabannon C, Vey N, Duprez E