HTS-Net: An integrated regulome-interactome approach for establishing network regulation models in high-throughput screenings.
Rioualen C, Da Costa Q, Chetrit B, Charafe-Jauffret E, Ginestier C, Bidaut G
En direct
Le Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille fête ses 50 ans ! -
“
La plateforme Cibi offre un large panel d’expertises et de services en bioinformatique
(intégration de données, développement d’analyses biologiques sur mesure)
et développe des pipelines bioinformatiques de pointe.
(intégration de données, développement d’analyses biologiques sur mesure)
et développe des pipelines bioinformatiques de pointe.
Nous développons également des bases de données à visée biologique
pour le stockage et la gestion de données.
pour le stockage et la gestion de données.
”
Ghislain Bidaut, Responsable Plateforme
Expertises et Services
- Analyse et intégration de données de type NGS (Next Generation Sequencing) (ChIP-Seq, RNA-Seq, single cell RNA-Seq, analyse de Variants Génétiques à visée recherche et diagnostique)
- Analyse de données de cytométrie en flux et cytométrie de masse
- Analyse de données de Protéomique
- Développement de pipelines bioinformatique et de bases de données (Python, R, Bioconductor, RShiny, Django, PostgreSQL, etc)
- Collaboration sur projet (INCa, ANR, ARC, etc)
Nos Pipelines
Formation
- Nous accueillons des stagiaires en Master et école d’ingénieurs.
les publications de l‘équipe
High-dimensional mass cytometry analysis of NK cell alterations in AML identifies a subgroup with adverse clinical outcome.
Chretien AS, Devillier R, Granjeaud S, Cordier C, Demerle C, Salem N, Wlosik J, Orlanducci F, Gorvel L, Fattori S, Hospital MA, Pakradouni J, Gregori E, Paul M, Rochigneux P, Pagliardini T, Morey M, Fauriat C, Dulphy N, Toubert A, Luche H, Malissen M, Blaise D, Nunès JA, Vey N, Olive D
NKp30 expression is a prognostic immune biomarker for stratification of patients with intermediate-risk acute myeloid leukemia.
Chretien AS, Fauriat C, Orlanducci F, Rey J, Borg GB, Gautherot E, Granjeaud S, Demerle C, Hamel JF, Cerwenka A, von Strandmann EP, Ifrah N, Lacombe C, Cornillet-Lefebvre P, Delaunay J, Toubert A, Arnoulet C, Vey N, Olive D
Exploratory Study on Application of MALDI-TOF-MS to Detect SARS-CoV-2 Infection in Human Saliva.
Costa MM, Martin H, Estellon B, Dupé FX, Saby F, Benoit N, Tissot-Dupont H, Million M, Pradines B, Granjeaud S, Almeras L
Mass Cytometry Reveals Classical Monocytes, NK Cells, and ICOS+ CD4+ T Cells Associated with Pembrolizumab Efficacy in Patients with Lung Cancer.
Rochigneux P, Lisberg A, Garcia A, Granjeaud S, Madroszyk A, Fattori S, Gonçalves A, Devillier R, Maby P, Salem N, Gorvel L, Chanez B, Gukasyan J, Carroll J, Goldman J, Chretien AS, Olive D, Garon EB
IMPRINTS.CETSA and IMPRINTS.CETSA.app: an R package and a Shiny application for the analysis and interpretation of IMPRINTS-CETSA data.
Gerault MA, Granjeaud S, Camoin L, Nordlund P, Dai L