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La plateforme Cibi offre un large panel d’expertises et de services en bioinformatique
(intégration de données, développement d’analyses biologiques sur mesure)
et développe des pipelines bioinformatiques de pointe.
Nous développons également des bases de données à visée biologique
pour le stockage et la gestion de données.
Ghislain Bidaut, Responsable Plateforme

Expertises et Services

  • Analyse et intégration de données de type NGS (Next Generation Sequencing) (ChIP-Seq, RNA-Seq, single cell RNA-Seq, analyse de Variants Génétiques à visée recherche et diagnostique)
  • Analyse de données de cytométrie en flux et cytométrie de masse
  • Analyse de données de Protéomique
  • Développement de pipelines bioinformatique et de bases de données (Python, R, Bioconductor, RShiny, Django, PostgreSQL, etc)
  • Collaboration sur projet (INCa, ANR, ARC, etc)

Nos Pipelines

Formation

  • Nous accueillons des stagiaires en Master et école d’ingénieurs.
les publications de l‘équipe
Jan 2017 PloS one

HTS-Net: An integrated regulome-interactome approach for establishing network regulation models in high-throughput screenings.

Rioualen C, Da Costa Q, Chetrit B, Charafe-Jauffret E, Ginestier C, Bidaut G

Aug 2018 Blood advances

CXCR5 and ICOS expression identifies a CD8 T-cell subset with T features in Hodgkin lymphomas.

Le KS, Amé-Thomas P, Tarte K, Gondois-Rey F, Granjeaud S, Orlanducci F, Foucher ED, Broussais F, Bouabdallah R, Fest T, Leroux D, Yadavilli S, Mayes PA, Xerri L, Olive D

Jun 2021 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

High-dimensional mass cytometry analysis of NK cell alterations in AML identifies a subgroup with adverse clinical outcome.

Chretien AS, Devillier R, Granjeaud S, Cordier C, Demerle C, Salem N, Wlosik J, Orlanducci F, Gorvel L, Fattori S, Hospital MA, Pakradouni J, Gregori E, Paul M, Rochigneux P, Pagliardini T, Morey M, Fauriat C, Dulphy N, Toubert A, Luche H, Malissen M, Blaise D, Nunès JA, Vey N, Olive D

Jul 2017 Oncotarget

NKp30 expression is a prognostic immune biomarker for stratification of patients with intermediate-risk acute myeloid leukemia.

Chretien AS, Fauriat C, Orlanducci F, Rey J, Borg GB, Gautherot E, Granjeaud S, Demerle C, Hamel JF, Cerwenka A, von Strandmann EP, Ifrah N, Lacombe C, Cornillet-Lefebvre P, Delaunay J, Toubert A, Arnoulet C, Vey N, Olive D

Apr 2021 Journal of oral microbiology

Salivette, a relevant saliva sampling device for SARS-CoV-2 detection.

Melo Costa M, Benoit N, Dormoi J, Amalvict R, Gomez N, Tissot-Dupont H, Million M, Pradines B, Granjeaud S, Almeras L