En direct

Les mitochondries nouvelles cibles thérapeutiques potentielles dans le cancer du pancréas -

La plateforme Cibi offre un large panel d’expertises et de services en bioinformatique
(intégration de données, développement d’analyses biologiques sur mesure)
et développe des pipelines bioinformatiques de pointe.
Nous développons également des bases de données à visée biologique
pour le stockage et la gestion de données.
Ghislain Bidaut, Responsable Plateforme

Expertises et Services

  • Analyse et intégration de données de type NGS (Next Generation Sequencing) (ChIP-Seq, RNA-Seq, single cell RNA-Seq, analyse de Variants Génétiques à visée recherche et diagnostique)
  • Analyse de données de cytométrie en flux et cytométrie de masse
  • Analyse de données de Protéomique
  • Développement de pipelines bioinformatique et de bases de données (Python, R, Bioconductor, RShiny, Django, PostgreSQL, etc)
  • Collaboration sur projet (INCa, ANR, ARC, etc)

Nos Pipelines

Formation

  • Nous accueillons des stagiaires en Master et école d’ingénieurs.
les publications de l‘équipe
Jan 2017 PloS one

HTS-Net: An integrated regulome-interactome approach for establishing network regulation models in high-throughput screenings.

Rioualen C, Da Costa Q, Chetrit B, Charafe-Jauffret E, Ginestier C, Bidaut G

Jan 2018 Frontiers in immunology

Immunomodulatory Drugs Exert Anti-Leukemia Effects in Acute Myeloid Leukemia by Direct and Immunostimulatory Activities.

Le Roy A, Prébet T, Castellano R, Goubard A, Riccardi F, Fauriat C, Granjeaud S, Benyamine A, Castanier C, Orlanducci F, Ben Amara A, Pont F, Fournié JJ, Collette Y, Mege JL, Vey N, Olive D

Aug 2018 Blood advances

CXCR5 and ICOS expression identifies a CD8 T-cell subset with T features in Hodgkin lymphomas.

Le KS, Amé-Thomas P, Tarte K, Gondois-Rey F, Granjeaud S, Orlanducci F, Foucher ED, Broussais F, Bouabdallah R, Fest T, Leroux D, Yadavilli S, Mayes PA, Xerri L, Olive D

Sep 2019 Oncotarget

Correction: NKp30 expression is a prognostic immune biomarker for stratification of patients with intermediate-risk acute myeloid leukemia.

Chretien AS, Fauriat C, Orlanducci F, Rey J, Borg GB, Gautherot E, Granjeaud S, Demerle C, Hamel JF, Cerwenka A, von Strandmann EP, Ifrah N, Lacombe C, Cornillet-Lefebvre P, Delaunay J, Toubert A, Arnoulet C, Vey N, Olive D

Oct 2019 Clinical epigenetics

Epigenetic down-regulation of the HIST1 locus predicts better prognosis in acute myeloid leukemia with NPM1 mutation.

Garciaz S, N'guyen Dasi L, Finetti P, Chevalier C, Vernerey J, Poplineau M, Platet N, Audebert S, Pophillat M, Camoin L, Bertucci F, Calmels B, Récher C, Birnbaum D, Chabannon C, Vey N, Duprez E