HTS-Net: An integrated regulome-interactome approach for establishing network regulation models in high-throughput screenings.
Rioualen C, Da Costa Q, Chetrit B, Charafe-Jauffret E, Ginestier C, Bidaut G
Plateforme de Bioinformatique Intégrative Cibi
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Journée de rencontres avec les chercheurs de l’UMR 1068 (CRCM) le 07 avril 2020 -
La plateforme Cibi offre un large panel d’expertise en bioinformatique (intégration de données, développement d’analyse biologiques) et développe ses propres pipelines bioinformatique.
Nous développons également des bases de données à visée biologique pour le stockage et la gestion de données.
Voici nos expertises:
- Analyse et intégration de données de séquençage NGS (Next Generation Sequencing) (Chip-Seq, RNA-Seq, SC-RNA-Seq, analyse de variants à visée recherche et diagnostique)
- Cytométrie de flux et cytométrie de masse.
- Protéomique
- Développement de pipelines bioinformatique et de bases de données (Python, R, Bioconductor, RShiny, Django, PostgreSQL, etc…)
- Collaboration sur projet (INCa, ANR, ARC, etc…)
Nous accueillons des stagiaires en master et école d’ingénieurs.
les publications de l‘équipe
CXCR5 and ICOS expression identifies a CD8 T-cell subset with T features in Hodgkin lymphomas.
Le KS, Amé-Thomas P, Tarte K, Gondois-Rey F, Granjeaud S, Orlanducci F, Foucher ED, Broussais F, Bouabdallah R, Fest T, Leroux D, Yadavilli S, Mayes PA, Xerri L, Olive D
Immunomodulatory Drugs Exert Anti-Leukemia Effects in Acute Myeloid Leukemia by Direct and Immunostimulatory Activities.
Le Roy A, Prébet T, Castellano R, Goubard A, Riccardi F, Fauriat C, Granjeaud S, Benyamine A, Castanier C, Orlanducci F, Ben Amara A, Pont F, Fournié JJ, Collette Y, Mege JL, Vey N, Olive D
Postoperative serum proteomic profiles may predict metastatic relapse in high-risk primary breast cancer patients receiving adjuvant chemotherapy.
Gonçalves A, Esterni B, Bertucci F, Sauvan R, Chabannon C, Cubizolles M, Bardou VJ, Houvenaegel G, Jacquemier J, Granjeaud S, Meng XY, Fung ET, Birnbaum D, Maraninchi D, Viens P, Borg JP
HVEM has a broader expression than PD-L1 and constitutes a negative prognostic marker and potential treatment target for melanoma.
Malissen N, Macagno N, Granjeaud S, Granier C, Moutardier V, Gaudy-Marqueste C, Habel N, Mandavit M, Guillot B, Pasero C, Tartour E, Ballotti R, Grob JJ, Olive D
Correction: NKp30 expression is a prognostic immune biomarker for stratification of patients with intermediate-risk acute myeloid leukemia.
Chretien AS, Fauriat C, Orlanducci F, Rey J, Borg GB, Gautherot E, Granjeaud S, Demerle C, Hamel JF, Cerwenka A, von Strandmann EP, Ifrah N, Lacombe C, Cornillet-Lefebvre P, Delaunay J, Toubert A, Arnoulet C, Vey N, Olive D
A genome-wide RNAi screen reveals essential therapeutic targets of breast cancer stem cells.
Arfaoui A, Rioualen C, Azzoni V, Pinna G, Finetti P, Wicinski J, Josselin E, Macario M, Castellano R, Léonard-Stumpf C, Bal A, Gros A, Lossy S, Kharrat M, Collette Y, Bertucci F, Birnbaum D, Douik H, Bidaut G, Charafe-Jauffret E, Ginestier C