Développement de méthode en protéomique quantitative

Marseille protéomique (MaP) est une plateforme fédérative équipée en spectromètres de masse et techniques complémentaires dédiés à un large spectre d’études des protéines : identification, quantification, modification post-traductionnelle, localisation imagerie-MS, protéomique structurale et bioinformatique. Labellisée IBiSA depuis 2008 (infrastructures nationales de biologie, de santé et d'agronomie) et certifiée en 2015 « Plateforme technologique » par l'Université d'Aix-Marseille, la plateforme n’a cessé de se développer depuis sa création en 2007. MaP couvre un vaste champ expérimental de l’oncologie pour la découverte de biomarqueurs, à l’immunologie et la microbiologie pour la compréhension des mécanismes de défense cellulaire et du métabolisme. MaP regroupe trois sites situées dans des environnements de recherche scientifique distincts adossés au CNRS, l‘INSERM, Aix-Marseille Université ainsi que l’Institut Paoli-Calmettes (IPC).
Les perspectives d’évolution de la plateforme portent sur les nouvelles approches de protéomique quantitative de protéomes complexes (next generation proteomics) et les études interactomiques. De nouveaux spectromètres de masse dernière génération (haute résolution, haute sensibilité et haute précision), ont été mis en place au sein de Marseille Protéomique au cours des dernières années. L’acquisition de ces instruments et l’expertise pointue du personnel permet l’utilisation des approches protéomiques dans la majorité des projets de recherches scientifiques. L’aspect quantitatif dans les études protéomique est maintenant incontournable. Comparer des protéomes complexes, (cellules saines/dérégulées ; traitées drogues/non traitées, comparer des sous protéomes telles que phosphoproteomes, ubiquitinome ou autre ..ome nécessite non seulement d’identifier les protéines mais aussi les quantifier. La demande protéomique n’arrêtant de s’élargir, nous avons un énorme besoin de poursuivre nos efforts dans l’optimisation des aspects de protéomique quantitative de protéomes complexes et peu abondants. Dans cette perspective, le projet consistera à développer de nouvelles stratégies sur les aspects de préparation d’échantillon, d’analyse par spectrométrie de masse et en bioinformatique dans le domaine du cancer et de l’immunologie. Comme pour la transcriptomique et la génomique il y a quelques années, la protéomique a pour vocation à devenir une approche incontournable pour les années à venir en biologie. Ce projet offre ainsi une réelle opportunité d’acquérir une expertise en protéomique.