Réseaux de signalisation, cibles et thérapies dans les tumeurs solides

Notre équipe a caractérisé une famille de protéines d'échafaudage cytoplasmiques (LAP pour Leucine-Rich Repeats et PDZ domains) impliquées dans la polarité des cellules épithéliales qui comprend ERBIN, SCRIBBLE et LANO (revue dans Oncogene 2020). ERBIN est composée de domaines LRR (Leucine Rich Repeat) et d’un domaine PDZ (PSD95-DLG-ZO1), ce dernier interagit avec l'extrémité carboxy-terminale du récepteur oncogène ERBB2/HER2 tyrosine kinase (RTK). Nous avons démontré le rôle d'ERBIN sur l'oncogénicité d’ERBB2/HER2 dans le sein (PNAS 2014), la peau (en coll. J. Cell Biol. 2015), le côlon (en coll. Cancer Research 2018), son implication dans la dermatite allergique sévère (en coll. J. Allergy Clin. Immunol. 2018) et dans les fonctions cardiaques (en coll. PNAS 2014) et nerveuses (en coll. Nature Neurosc. 2013). L'interaction ERBIN-ERBB2/HER2 stabilise le récepteur en augmentant sa dimérisation au niveau de la membrane plasmique et est nécessaire à la prolifération cellulaire et à l'oncogénicité in vitro et in vivo (PNAS 2014). Nous avons contribué à montrer le rôle de SCRIBBLE dans la plasticité neuronale (en coll. Cerebral Cortex 2017) et identifié VANGL2, un acteur central de la voie WNT/PCP, comme un interacteur de SCRIBBLE grâce au crible du PDZome humain (Mol. Cell. Proteomics 2013 ; en coll. Nat. Methods, 2015). Nous avons aussi identifié SCRIBBLE comme un régulateur négatif de la voie WNT/b-caténine (Proteomics, 2019).

Un autre objectif important est d'étudier les interactions génétiques entre les trois membres de la famille LAP (erbin, scribble et lano) chez la souris. Les souris mutantes pour scrib (scrib-/-) présentent une anomalie majeure de fermeture du tube neural entraînant une mortalité périnatale, tandis que les souris erbin-/- et lano-/- sont viables et fertiles. La plupart des cancers, y compris les tumeurs mammaires, contiennent une population de cellules souches cancéreuses auto-renouvelables (CSC) qui stimulent la croissance tumorale, résistent aux thérapies conventionnelles et initient le développement de métastases. Nous avons récemment identifié LANO comme un régulateur négatif de l'expansion des cellules souches mammaires normales et cancéreuses, en partie en supprimant la sécrétion de ligands WNT (Stem Cell Reports, 2018). Nous étudions actuellement le mécanisme moléculaire qui sous-tend cette nouvelle fonction de LANO par des méthodes biochimiques et de biologie cellulaire. De plus, la chimiorésistance et la radiorésistance des CSC, dues au moins en partie, à un microenvironnement cellulaire (niche) les protégeant des traitements cytotoxiques, sont considérées comme la principale cause de rechute en association avec leur implication dans la dissémination métastatique. Cependant, le rôle des forces mécaniques dans la régulation du sort des CSC a été peu étudié. Un projet collaboratif et interdisciplinaire Capostromex financé par A*MIDEX définira les relations entre les propriétés viscoélastiques mécaniques du stroma sur le comportement du CSC dans la tumorigenèse et la contribution de Scrib et Lano, tous deux associés au maintien du contingent de CSC.

Chez la souris, scribble interagit génétiquement avec vangl2, un gène codant pour un récepteur WNT/PCP. Nous avons entrepris une stratégie protéomique pour identifier les réseaux de protéines associés à ces composants WNT/PCP et avons étudié leur contribution dans le cancer. Nous avons découvert que VANGL2 est surexprimé dans le cancer du sein basal avec un mauvais pronostic et se co-purifie avec l'adaptateur p62/SQSTM1 et JNK (Nat. Comm. 2016 + brevet INSERM) ainsi qu'avec un régulateur de trafic membranaire (en coll., Development 2012 ; Nat. Cell. Biol. 2013). Cependant, le mode d'action de VANGL2 est encore largement inconnu et continue à être étudié dans l’équipe par des approches fonctionnelles et génétiques.

Nous avons également effectué une analyse complète du profil de liaison au PDZ de Vangl2 en utilisant un ensemble d'approches cellulaires, biochimiques et biophysiques (double hybride dans la levure, holdup assay, SPR, polarisation de fluorescence). Cela nous a permis de confirmer des partenaires connus du PDZ de Vangl2 et d'en identifier de nouveaux en cours d’anayse. Nous avons également pu documenter la contribution essentielle de certains résidus dans le motif de liaison au PDZ de VANGL2 (Monserrat-Gomez et al., en préparation) et le rôle possible d’événements de phosphorylation se produisant dans cette région de VANGL2.  Nous avons identifié et caractérisé une nouvelle isoforme de Vangl2 issue d'un site alternatif d'initiation de la traduction non-AUG, en amont du codon de départ conventionnel  dévoilant ainsi un nouveau niveau de complexité dans l'expression, le trafic et la fonction de VANGL2.

PRICKLE1, un adaptateur pour VANGL2, est également surexprimé dans le cancer du sein basal et associé à un nouveau complexe RICTOR-MINK1 entraînant l'activation de l'AKT et la dissémination cellulaire in vitro et in vivo (Dev. Cell 2016, Cell Cycle 2016 + brevet INSERM) et ECT2, un Rho-GEF, dans le cancer du sein basal (Br. J. Cancer, 2019). Récemment, nous avons découvert que le complexe PRICKLE-MINK1 est associé à des nouveaux partenaires protéiques impliqués dans la dissémination de métastases dans le cancer du sein.

Chez la souris scribble interagit génétiquement avec ptk7, un gène codant pour un récepteur WNT/PCP. PTK7 est un récepteur de tyrosine kinase (RTK) surexprimé dans la leucémie myéloïde aiguë de mauvais pronostic et potentiellement impliqué dans la rétention des cellules leucémiques dans la moelle osseuse (Blood, 2010). En utilisant un modèle de souris déficient en ptk7, nous avons confirmé cette hypothèse en démontrant le rôle de ce récepteur dans le homing des cellules hématopoïétiques murines dans la moelle osseuse (J. Immunol., 2016). Nous avons également montré que PTK7 joue un rôle prométastatique dans le cancer du côlon de mauvais pronostic (PLoS ONE, 2015) et qu’il s'hétérodimérise avec ROR2, un autre RTK de la voie WNT non canonique activé par WNT5A (J. Biol. Chem., 2015).

PTK7 contribue à l'adhésion, à la migration et à l'invasion des cellules cancéreuses, et est lié à la progression de la tumeur et au mauvais pronostic. Un anticorps médicament-conjugué contre PTK7 induit une régression tumorale soutenue chez la souris et entre actuellement dans un essai clinique de phase II, démontrant le potentiel de ciblage de PTK7 dans le cancer. Cependant, son mode d'action dans le cancer est obscur. Nous explorons actuellement les fonctions de PTK7 par des approches de biotinylation de proximité pour étudier le protéome associé à PTK7 dans des  cellules de cancer du côlonNous avons produit une souris déficiente pour ptk7 de manière conditionnelle pour décrypter son rôle dans la cancérogenèse colique (Projet Libre INCa). En parallèle, en collaboration avec l'Institut Paoli-Calmettes, nous étudions l’expression et le rôle de PTK7 dans la cancérogenèse colique à partir d’échantillons de patients.

PTK7 est exprimée dans des cellules immunitaires telles que les cellules dendritiques (CD). Cependant, sa fonction dans l'immunité et dans le cycle cancer-immunité est largement inconnue. Nous avons commencé à l'étudier en combinant des approches innovantes basées sur la technologie scRNA-seq, la cytométrie spectrale multiparamétrique et un modèle de souris déficiente pour ptk7. Ce projet est partiellement financé par la subvention "Emergence 2020" du Canceropôle PACA/Gefluc.

Responsable du syndrome de Peutz-Jeghers et considéré pendant un certain temps comme une kinase critique pour l'établissement et le maintien de la polarité épithéliale comme chez les vers et les mouches, nous nous sommes efforcés de dévoiler les fonctions de la sérine/thréonine kinase LKB1 en tant que suppresseur de tumeur particulièrement important dans le carcinome pulmonaire non à petites cellules (CPNPC). Nos travaux ont montré que du LKB1 actif localisé aux jonctions adhérentes pour activer AMPK (Curr. Biol. 2009) est régulé par des forces mécaniques soumises à E-Cadhérine (en coll. Nat. Cell. Biol. 2017). À ce jour, les patients atteints de CPNPC avec perte de la fonction de LKB1 sont associés à un mauvais pronostic étant réfractaires à la chimiothérapie ainsi qu'à l'immunothérapie. Pour décrypter les mécanismes moléculaires par lesquels LKB1 exerce son activité de suppression de tumeur, nous avons choisi d'étudier les mécanismes régulant son activité catalytique. En effet, l'altération de l'activité d’LKB1 dans le CPNPC est probablement sous-estimée puisque, outre les événements mutationnels conduisant à sa perte d’expression ou d'activité, ceux liés à sa dérégulation ne sont pas pris en compte. Pour définir de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles, nous décryptons en profondeur les mécanismes et la signalisation déclenchés par la perte d'activité de LKB1 en utilisant des approches in vitro et in vivo (souris knockout). Par une stratégie de SILAC, nous avons défini qu’LKB1 affecte la phosphorylation de plusieurs candidats pour réprimer l'activité canonique de WNT trouvée dérégulée dans les tumeurs. Des approches protéomiques complémentaires basées sur le marquage de proximité (APEX) ont également été initiées. Enfin, l'implication de l'activité du LKB1 dans la mécano-transduction et sa pertinence dans des poumons soumis en permanence à des étirements et des tensions associés aux mouvements respiratoires, nous amènent à compléter nos investigations par un projet émergent visant à étudier le rôle des molécules LKB1 et WNT/PCP dans l'agressivité tumorale dans des conditions où la rigidité du microenvironnement tumoral est modifiée (projet interdisciplinaire A*MIDEX Capostromex).

Notre équipe est impliquée dans le consortium national NANOTUMOR [A1] explorant la complexité moléculaire et cellulaire de la cellule tumorale. Ce consortium est groupe de travail multidisciplinaire français qui vise à étudier l'initiation et la progression du cancer au niveau moléculaire et ultrastructural, en combinant des technologies et des expertises de pointe en imagerie 2D-3D par miscroscopie électronique ou en fluorescence, de la transcriptomique et spectrométrie de masse, de la micro-modélisation (micropatterning) ainsi que des approches de microfluidique/biomécanique dans divers modèles cellulaires et animaux, de l'ingénierie des anticorps/biomarqueurs et du criblage à haut débit. Il explore les caractéristiques de plusieurs cancers de l'enfant et de l'adulte, depuis la structure des complexes moléculaires, l'expression spatio-temporelle des gènes et des protéines, jusqu'à l'organisation subcellulaire, la morphologie/rhéologie des tissus, et enfin la conception et le criblage des médicaments.

https://fr.nanotumor.fr/